本生醫分院定位為「臺灣醫療照護與生醫發展的國際櫥窗與卓越中心」，係因所在地臨近高鐵及桃園國際機場，可利用交通的便利性，建立優質健檢中心及國際級特色醫療，利用新竹科學園區的優勢，與國內相關IT產業合作，打造智慧型醫院，建立遠距照護和健康雲端產業，共同開發健康照護所需的IT軟硬體，並與本生醫園區內的生技醫藥公司建立新藥及醫材研發的產學合作管道，亦是國內生醫園區中最具備轉譯醫學優勢的園區。
本生醫分院除支持轉譯研究，協助創新醫材及藥品研發為主，並提供一般醫療服務外，由於急重症醫療及癌症治療是目前大新竹地區民眾就醫之最大需求，相關之心血管、腦血管等疾病亦是近年來國人十大死因排名前幾名之重要疾病，因此生醫分院將以前述幾項疾病之預防與治療為首要任務，並朝可提供優質健檢、遠距照護及國際級特色醫療等健康促進服務方向進行；同時提供急重症醫療功能，預計設立腫瘤醫學中心、心血管中心、腦血管與神經醫學中心及急重症治療中心，以滿足目前大新竹地區急重症之醫療需求。
本生醫分院共設置一般病床500床（內含研究病床200床)及特殊病床228床，分兩期開設，第一期先開設380床，包括急性一般病床250床，特殊病床130床，開設之病床並將優先提供生醫園區臨床轉譯研究使用，其餘348床預定於第一期啟用後5年內開設完成；本案兩期所需興建工程費約44.29億元及設備費約22.75億元，合計約67.04億元，除臺大醫院自行籌措24.43億元外，由中央政府編列42.61億元補助經費(教育部19.52億元、衛福部14億元、科技部科技預算9.09億元)，全力支持本生醫分院之興建。
第一期興建地下2層及地上8層之醫療大樓，以提供臨床醫療用途為主，其設計建築面積為10,639平方公尺，總樓地板面積為76,694平方公尺，預計106年1月動工、108年6月完工及109年1月正式營運；第二期興建地下2層，地上9層之研究大樓與地下2層，地上3層之國際醫療中心，以提供各研究空間為主，並納入醫護宿舍、行政中心及醫師辦公室，設計建築面積為4,406平方公尺，總樓地板面積為41,880平方公尺，預計108年9月動工、111年5月完工及111年12月正式營運。
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